Uno dei grandi tesori del San Carlino u00e8 la sua storica biblioteca. Fu progettata e costruita come parte integrante del convento dallo stesso Francesco Borromini tra il 1635 e il 1641. L'autore la concepu00ec come un'area spaziosa, ben illuminata, tranquilla e confortevole, e la disegnu00f2 come uno spazio quadrangolare di 18,30 x 5 metri.

Negli anni Settanta del XVI secolo, Bernardo, nipote di Francesco Borromini, che continuu00f2 i lavori a San Carlino dopo la morte dello zio, dimezzu00f2 l'altezza delle finestre della biblioteca e trasformu00f2 in porta la finestra centrale che conduceva alla cupola e al campanile.

Nel 1897 fu necessario ampliare gli scaffali fino a coprire le pareti laterali, per far posto alla grande collezione di libri donata dal canonico spagnolo Josu00e9 de Benavides.

A metu00e0 del XIX secolo un bassorilievo in gesso dello scultore Aniceto Marinas, commissionato dall'archeologo Giovanni Battista Rossi, raffigura la visita di Papa Pio IX alle catacombe di San Callisto, da lui scoperte. Probabilmente si tratta di una donazione dello stesso Josu00e9 de Benavides.

A partire dal 1986 la biblioteca u00e8 stata oggetto di una serie di migliorie da parte dell'Ufficio Italiano dei Cambi della Banca d'Italia, in collaborazione con il Ministero per i Beni Culturali e Ambientali.

I lavori hanno compreso il miglioramento dell'impermeabilizzazione del tetto, il ripristino del soffitto e del pavimento originali, la disinfezione dei mobili e dei libri, le misure antincendio e di sicurezza e il rinnovo dell'impianto elettrico.

Alla fine degli anni '90, Juan Maru00eda Montijano, professore di Storia dell'Arte all'Universitu00e0 di Malaga e grande conoscitore dell'architettura rinascimentale e barocca italiana, scoprendo le meraviglie del San Carlino e, in particolare, l'enorme potenziale della sua biblioteca, si dedicu00f2 con vera passione e generositu00e0 al suo restauro. Inizialmente si u00e8 dedicato da solo e altruisticamente alla conservazione della biblioteca, avviando il processo di catalogazione del suo contenuto bibliografico.

Nel 2012, il professore Montijano ha promosso la firma di un accordo tra la comunitu00e0 trinitaria di San Carlino e l'Universitu00e0 di Malaga, in collaborazione con altri enti culturali, per la catalogazione della collezione bibliografica da parte di borsisti delle Facoltu00e0 di Storia dell'Arte, Storia, Belle Arti e Architettura dell'Universitu00e0.

Questi studenti, ospitati dalla comunitu00e0 religiosa, hanno svolto questo lavoro durante l'estate, con vera cura e affetto, e sotto la direzione professionale e attenta del suddetto professore. La catalogazione u00e8 stata completata nel 2015.

Durante questo periodo hanno inventariato piu00f9 di 13.000 volumi, scritti in 16 lingue diverse, prevalentemente in latino, italiano e spagnolo. Le opere in questione sono datate come segue:
- otto incunaboli,
- 786 libri del XVI secolo,
- 2.962 del XVII secolo
- 3.722 del XVIII secolo,
- 4.921 del XIX secolo,
- 250 libri eccezionali del XX secolo;
- numerosi manoscritti.

La maggior parte dei libri sono di natura filosofica e teologica, o su diverse discipline umanistiche (arte, geografia, storia...). Oltre agli otto incunaboli, i tesori bibliografici comprendono una Bibbia poliglotta dell'inizio del XVI secolo e una copia della prima edizione illustrata del Don Chisciotte, oltre a diversi libri la cui unica copia conservata u00e8 quella di questa biblioteca.

Nel processo di catalogazione u00e8 stato utilizzato un programma informatico che consente ai ricercatori di tutto il mondo di consultarli. Sono state inoltre scansionate diverse opere di particolare valore, tra cui il Libro de fu00e1brica de San Carlino.